El acervo de Manuscritos se compone de más de 900.000 documentos, incluyendo archivos personales, institucionales, históricos y obras literarias, muchas de autores fundamentales en la literatura brasileña, como Lima Barreto, Carlos Drummond de Andrade y Euclides da Cunha, entre otros. Los originales, fechados desde el siglo XI hasta nuestros días, incluyen tanto piezas sueltas como encuadernadas.
Las piezas de mayor relevancia histórica proceden de la Real Biblioteca y fueron traídas a Brasil por la familia real portuguesa en 1808. Desde entonces, la colección está en constante crecimiento y reúne manuscritos en portugués arcaico, clásico y contemporáneo, griego, latín y persa, con una gran variedad de tipos de escritura y soportes.
Están disponibles para consulta más de 240 colecciones registradas y catalogadas, cada una de ellas con su inventario detallado.
Se emplean técnicas sofisticadas para estudiar ciertos documentos, tales como la paleografía – estudio de escritos antiguos, que ayuda a descifrar textos muy difíciles, aparentemente ilegibles para los ojos no entrenados, como por ejemplo la carta de Pero Vaz de Caminha.
La preservación de los documentos exige una atención permanente, y su catalogación se realiza de acuerdo con su estado de conservación y condición física. Al ser un soporte muy frágil, el papel se maneja solamente con guantes propios. Para su mejor conservación, los originales se protegen con cubiertas con pH neutro y se guardan en archivos deslizantes, en cajones individuales. Se retiran además los clips y otros objetos metálicos para evitar que la oxidación comprometa o empeore el estado de las piezas.