Dona Mercedes reuniu e trabalhou tecnicamente livros e partituras extraídos da coleção geral da Biblioteca Nacional e passou a atender usuários dessa coleção musical. Durante sua permanência à frente da Divisão de Música e Arquivo Sonoro, organizou 38 exposições, muitas delas com edição de catálogos, e transformou a Divisão em um dos mais importantes acervos musicais existentes na América Latina, relevante para a investigação histórica e musicológica.
Convidada pela União Pan-americana, atual OEA, exerceu, de 1947 a 1949, a função de assistente do musicólogo Charles Seeger, então diretor da divisão de música da entidade.
Ministrou cursos de organização de bibliotecas de música e participou de vários congressos da Associação Internacional de Bibliotecas, arquivos e centros de documentação de música (AIBM). Como vice-presidente desta associação, de 1965/74, colaborou em vários projetos da entidade, destacando-se o RISM (Répertoire International des Sources Musicales) e RILM (Répertoire International de Litterature Musicale). Foi membro correspondente do Boletin Interamericano de Música publicado pela OEA, Washington, D.C., de 1950/73.
Recebeu vários prêmios e distinções, como:
- Prêmio Paula Brito, em 1974;
- Prêmio Estácio de Sá, em 1977;
- Medalha Biblioteca Nacional, em 1990;
- Medalha Museu da Imagem e do Som-RJ, em 1990;
- Medalha da Societé d'encouragement au progrès-Paris, em 1993.
O sentimento dos servidores da FBN se traduz na declaração da Chefe da Divisão de Música e Arquivo Sonoro, Sra. Elizete Higino:
Conheci dona Mercedes pesquisando na Seção de Música da FBN, quando essa ainda funcionava no prédio sede. Comecei a trabalhar com ela em 1984 quando a seção de Música passou a ser Divisão e se mudou para o Palácio Gustavo Capanema. Mercedes era uma profissional séria, conhecedora do seu ofício, amava o que fazia e sempre foi muito respeitada. Nós, funcionários que tivemos a satisfação de aprender sobre acervo musical com ela, só temos que expressar nossa eterna gratidão.
Mercedes Reis Pequeno era membro da Academia Brasileira de Música desde 1994, na qual coordenou e implementou o projeto Bibliografia Musical Brasileira.
