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Esses documentos tratam, em grande parte, da relação que essas duas instâncias estabeleceram com os índios guarani, e contêm, em muitos casos, informações ricas em termos de descrições etnográficas.
A pesquisa vai examinar dados referentes a uma parcela da população guarani que, durante os séculos XVII a XVIII, esteve reduzida nas missões de Loreto e de San Ignácio, no antigo território do Guairá. O objetivo é retornar às fontes históricas a fim de formular uma crítica etnográfica sobre elas. O trabalho é um desdobramento da tese de doutorado do pesquisador que tem como base etnográfica o registro de uma migração guarani do centro-oeste para o norte, entre as décadas de 1930 e 1960. Espera-se, inicialmente, recuperar no registro colonial os padrões de deslocamentos e evasões dos guarani missioneiros, tanto em relação às novas dinâmicas demográficas ligadas a epidemias e conflitos pós-conquista, quanto a aspectos como padrões de residência, poligamia e papel de chefes e xamãs, entre outros aspectos de uma cultura guarani em transição.
Doutor em Antropologia Social pelo Programa de Pós-graduação em Antropologia Social do Museu Nacional (UFRJ), mestre em Antropologia pela Universidade Federal Fluminense (UFF), bacharel e licenciado em Ciências Sociais pela mesma universidade, Rafael desenvolve, desde 2004, pesquisas junto aos guarani no litoral sul fluminense, no sudeste do Pará e noroeste de Tocantins, totalizando 21 meses de trabalho de campo. Seus temas de pesquisa têm sido desenvolvidos em torno dos processos de migração e de mobilidade guarani, organização social e parentesco, os processos de conversão cristã e a prática venatória. Mais recentemente, vem se dedicando ao estudo dos guarani a partir da documentação produzida no âmbito da administração colonial e das missões jesuíticas durante os séculos XVII e XVIII.
É também pesquisador do Laboratório de Inovações Ameríndias (LInA) do Museu Nacional, UFRJ, e do Laboratório de Estudos Socioantropológicos sobre Conhecimento e Natureza (LESCoN), da UFF.