cobertura-6351-carlota-joaquina-rainha-articuladora-politica.jpg
Com a mudança de país e sobretudo, de hábitos entre as Cortes, Carlota teve dificuldades de adaptação ao ritmo da corte portuguesa. Em 1788, após a morte do herdeiro mais velho da Coroa Portuguesa, Dom José, príncipe do Brasil, Dom João assumiu o trono português. Dom João e Carlota tornaram-se príncipe e princesa do Brasil, duquesa de Bragança.
Em razão do Bloqueio Continental imposto por Napoleão Bonaparte para impedir o avanço político e econômico do Reino Unido, a França invadiu Portugal e a Corte portuguesa transferiu-se para o Brasil. Em 1808, a Família Real portuguesa chegou em território brasileiro, primeiro em Salvador, depois no Rio de Janeiro. Carlota, que não era favorável à mudança para Brasil, manteve-se insatisfeita durante o período em que esteve na colônia.
Carlota é relatada como uma mulher com temperamento forte, politizada e que durante muitos anos almejou um destaque político tanto do lado português como no espanhol, porém sem sucesso. Em 1821, com o retorno da Família Real a Portugal, em consequência da Revolução do Porto, Carlota, por suas posições políticas, foi morar no Palácio de Queluz e ali morreu anos depois, em 1830, aos 54 anos.